Même si la FAO ajuste et modifie certains chiffres officiels lorsqu'il y a des contradictions évidentes (comme des erreurs de saisie de données ou des valeurs aberrantes), les données des matrices commerciales ne sont pas réconciliées. Ainsi, un utilisateur peut constater que ce que le pays A déclare officiellement comme importations en provenance du pays B ne correspond pas à ce que le  pays B déclare officiellement exporter vers le pays A, et réciproquement, pour un produit et une année donnés (en termes de quantité et/ou valeur). Un certain nombre de raisons expliquent en partie ceci :

- délai : une exportation rapportée en décembre d'une année donnée peut arriver à destination en janvier de l'année suivante (et seulement alors être rapportée comme importation).
- certains pays fournissent des données sur le commerce général (toutes les importations et exportations + ré-exportations) tandis que d'autres pays fournissent des données sur le commerce spécial (importations pour la consommation domestique).
- pour certains produits, il peut y avoir des incohérences entre les classifications de l'exportateur et de l'importateur.
- des quantités exportées peuvent être détruites ou perdues pendant le transport en raison d'accidents,  de conditions climatiques difficiles, etc.
- erreurs de saisie ou de calcul simples faites par le pays rapporteur  (nous essayons cependant de rectifier ces erreurs lorsqu'elles sont évidentes).
- confidentialité des données pour un des partenaires commerciaux.
- incohérence dans l'origine ou la destination finale (par exemple le pays A déclare que le pays destinataire final pour une exportation donnée est le pays C ; les marchandises atteignent le pays C par l'intermédiaire d'un autre pays (B) ; le pays C décalre que l'origine des marchandises est le pays B).
- évasion fiscale en déclarant de façon erronnée une importation ou en ne déclarant pas un transbordement. En particulier  : des exportations peuvent ne pas être déclarées pour éviter un embargo.

En ce qui concerne les anomalies en valeur des données du commerce (en supposant que les quantités rapportées soient identiques):
La plupart des pays rapportent des valeurs d'exportation calculées avec des prix FOB (franco à bord, ou FREE-ON-BOARD , c'est à dire qui n'incluent pas les coûts d'assurance ni de transport), alors que des valeurs d'importation sont le plus souvent calculées avec des prix CAF (Coût-Assurance-Fret, c'est à dire qui incluent les coûts d'assurance et de transport). Donc pour un produit agricole donné, la valeur rapportée d'exportation devraient être inférieure à la valeur rapportée correspondante d'importation. Le coefficient d'ajustement varie selon le produit, la distance, l'empaquetage, etc. (pour les indices commerciaux de FAOSTAT, un facteur standard de 12% est appliqué à toutes les valeurs d'exportation - mais l'analyse de données détaillées montre que le facteur appliqué pourrait être compris entre 10% et 35%, voir davantage).

Les données commerciales sont arrondies à la tonne métrique la plus proche.